C'est l'histoire de deux jeunes femmes sans passé.
Madlax, agent secret. Pas de nom, pas de passé, juste une réputation de tueuse redouté de tous qui exécute des missions spéciales données par un certain SSS sur les terres d'un pays nommé Gazth-Sonika, ravagé et rongé par la guerre civile depuis 12 ans.
Margaret Burton, lycéenne dans un pays du nom de Nafrece. Une jeune fille issue du milieu aristocratique et sous la garde de sa gouvernante Eléanor semble souffrir d'une profonde amnésie, suite à la mort de ses parents dans un accident d'avion auquel elle a échappé miraculeusement.
Malgré ce qui les oppose, ces deux femmes sont étrangement liées. En effet, après l'accident d'avion Margaret ne pouvait plus prononcer qu'un seul mot : Madlax...