L'histoire se déroule dans un univers futuriste, dans lequel le Japon a été colonisé par l'Empire de Britannia grâce à leur supériorité militaire. Désormais, appelé Zone 11,et les habitants les Eleven, le pays se voit transformer en colonie. Un jour, Lelouch Lamperouge, un jeune étudiant Britannien issue de la famille impériale et vivant dans la Zone 11, se retrouve impliqué malgré lui dans une poursuite entre l'armée et les resistants. Pris pour un résistant, Lelouch sur le point d'être tué est sauvé par une jeune fille qui lui offre le Geass. Il décide alors de profiter de son nouveau don et se lance dans une vendetta contre Britannia. Il devient alors le leader de la résistance grâce à ses talents en stratégie militaire.