Les parents de Eliot Grant sont des scientifiques qui étudient un jour sur un animal inconnu et une civilisation ancienne supérieure à l'Homme mais disparue. Cette civilisation, les Cyniclons, ont quitté la Terre il y a 300 millions d'années à cause d'un cataclysme pour chercher une planète
hélas celle trouvée pour s'y abriter est trop hostile, des "chevaliers"
contrôlés par le Seigneur Bleu sont censés reprendre la Terre aux
humains qui la polluent pour s'y installer. Wesley, l'assistant du père
aidera le fils Elliot à étudier pour reprendre les travaux de son père
quand il sera plus âgé. À leur retour, ils voient le manoir Grant en
flamme avec l'étrange animal présent et vivant, les parents de Eliot
ayant péris dans les flammes. Eliot et Wesley reprennent le travail de
ses parents et entreprennent le projet Mew Mew destiné à protéger le
monde de ces créatures. Mais avant d'injecter de l'ADN
directement dans le corps des filles destinées à les recevoir, Eliot se
l'injecte sur lui et se transforme en chat gris et peut se
métamorphoser à volonté mais pas plus de 10 minutes sinon il restera un
chat à vie !
Les 2 associés observent le monde avec des analyseurs d'ADN
spécialement conçus pour retrouver les filles destinées à cette
mission.Ichigo, une adolescente est allée avec Aoyama
dans une exposition d'animaux en voies de disparitions. À la fin de la
journée,Ichigo et 4 autres filles seront transformées en Mew Mew mais
sans le savoir grâce à un rayon conçu par Eliot et Wesley situé sur le
toit du café Mew Mew leur repère et couverture secrets. Ce rayon
mélange leur ADN avec celui d'un Red Data Animal. Ichigo verra de temps en temps des oreilles ou une queue de chat
qui poussent et un comportement semblable à cet animal (dormir, manger
du poisson, attérir sur ses pattes etc.) et verra Mark attaqué par un
Chimera Animal.
Eliot croisera Ichigo et lui donnera la pierre de puissance pour établir
la métamorphose pour combattre le Chimera Animal. Une fois le Chimera Animal
vaincu, Zoey décroche un emploi de serveuse dans le café Mew Mew et
doit retrouver les 4 autres filles qui doivent l'aider dans la mission
de protéger l'Humanité et Wesley lui offre Masha, un robot
destiné à détecter et manger les Prédasites hors d'un être vivant.
Ichigo trouvera au fur et à mesure dans l'ordre Mint,
Lettuce, Pudding et Zakuro pour l'aider dans
sa tache mais pour Zakuro, une grande célébrité ce fut plus difficile
car elle voulait au début travailler seule et les Cyniclons voulaient
la convertir de leur côté mais sans succès. Les animaux dont les ADN
sont mélangés avec ceux des filles sont: le chat d'iriamote pour Ichigo
(un chat) le lori bleu pour Mint (un oiseau) le tamarin lion a tete
doré pour Lettuce (une sorte de singe) le marsoin abdére pour Pudding (une
sorte de dauphin) le loup gris pour Zakuro
Après des combats contre des Prédasites et les Cynyiclons, on découvre
l'existence de le Mew Aqua, sous forme cristallisé il dégage
une forte énergie pouvant améliorer les capacités de chaque être qui le
possède.